هنگامی که آزار و اذیت مشرکان به شکل غیر قابل تحمّلی رسید، رسول اکرم (ص) به اصحاب خود فرمود که به شکل مخفیانه ای هجرت بکنند. مشرکان وقتی این موضوع را فهمیدند، قصد جان پیامبر اکرم (ص) را کردند که تنها مانده بود. از هر قبیله جوانی انتخاب گردید که طبق نقشه بایستی در ان واحد به منزل پیامبر یورش می آوردند. با این کار اگر نزدیکان پیامبر می خواستند احقاق حق بکنند، همه قبایل را در مقابل خود می دیدند. در این میان خداوند به پیامبر دستور داد که هجرت کند. رسول اکرم (ص) حضرت علی را به عنوان وکیل خود قرار داد تا امانتی های که در دست داشت را به صاحبان خود بازگرداند. زیرا در مکه کسی یافت نمی شد که صاحب اشیاء گران قیمت باشد و صدق و درستکاری پیامبر را بداند، ولی نزد پیامبر امانتی نسپارد.
آن شب مشرکان خانه پیامبر را محاصره کردند. امّا از آنجایی که حسّ توکّل و تسلیم شدن پیامبر در مقابل خداوند بی نهایت بود، در او هیچ نشانه ای از ترس و اضطراب دیده نشد. مشتی خاک بر روی مشرکان پاشید و با خواندن دو آیه نخست سوره یاسین، از میان آنها به آرامی گذشت و رفت. و هیچ یک از آنها پیامبر اکرم را ندیدند.
با این تفاسیر، پیامبر اکرم (ص) پس از سیزده سال ارشاد و راهنمائی در شهر مکه، به مدینه هجرت فرمودند. در آنجا بین ساکنان مدینه یعنی انصار و هجرت کنندگان از مکه یعنی مهاجرین عقد اخوّت بستند. در مورد مال و دارایی، انصار خطاب به مهاجرین چنین گفتند: « این دارایی من است، بگیر، نیمی از آن برای تو باشد…» در مقابل، مهاجرین با دلهایی آکنده از شور و شوق و قلبی مطمئن چنین بیان کردند:
«- مال و ملکت مبارکت باشد برادر، تو راه بازار را به من نشان بده، این برای من کافیست» (بخاری، بیوع، 1)
رسول اکرم (ص) در آن روزها، قانونی تنظیم کرد که بر طبق آن، مهاجرین ساکن مدینه، انصار و یهودیان، وظایف متقابل به یکدیگر و همچنین مسئولیت در برابر اسلام نوپا را بشناسند. و این اوّلین قانون اساسی[1] مکتوب تاریخ با نام «وثیقه مدینه» بود.
عناد ورزی آشکار مشرکان نسبت به مسلمانان و همچنین نقض پیاپی معاهده توسط یهودیان، موجب بروز چندین جنگ شد. رسول اکرم (ص) که به عنوان پیامبر رحمت برای جهانیان فرستاده شده بود، در امور نظامی چنان سیاستی به کار برد که با وجود تسلط ایشان بر تمام شبه جزیره عربستان در مدّت بسیار کوتاه، اجازه نداد که خون افراد بیشتری از هر دو طرف ریخته شود. برای حل تمام مشکلات ابتدا، استفاده از روش صلح را ترجیح می داد.
پیامبر اکرم (ص) خود شخصا در 29 غزوه شرکت کردند. در16 تای آنها در عمل هیچ درگیری شکل نگرفت و با طرف مقابل تفاهم نامه امضاء گردید. لیکن در 13 غزوه دیگر مجبور به درگیری با طرف مقابل شدند، و در کل این جنگها 140 نفر از مسلمانان به شهادت رسیدند و تعداد کشته شدگان دشمن حدود 335 نفر بود.[2]
هدف از جهاد در اسلام، کشتن انسانها، غنیمت بدست آوردن، تخریب دنیا، بدست آوردن منفعتهای شخصی، کسب منافع مادّی ویا گرفتن انتقام نیست، بر عکس اینها، برچیدن ظلم، بر پا کردن آزادی عقیده، هدایت انسانها به راه راست و از بین بردن هر گونه بی عدالتی از اهداف آن است.